การพัฒนาวิธี Single nucleotide polymorphisms minisequencing ในบริเวณที่มีความหลากหลายสูงเพื่อคัดกรองตัวอย่างในกลุ่มประชากรไทย

Development of single nucleotide polymorphisms minisequencing in hypervariable regions for screening of Thai population samples

Name: พัลลพ ทองงาม

ThaSH: โครโมโซม

Classification :.DDC: 611.01816

ThaSH: พันธุศาสตร์

Abstract: Mitochondrial DNA (mtDNA) analysis has become to play an important role in the field of forensic sciences, especially in the analysis of highly degraded samples or samples with insufficient nuclear DNA. The standard method of mtDNA analysis is the sequencing of polymerase chain reaction (PCR) products from the hypervariable region I (HVRI) and II (HVRII). However, mtDNA sequencing is rather expensive, time consuming and technically complex. This study aims to develop the SNPs minisequencing in hypervariable regions for screening of Thai populations, in order to assist the exclusion of mismatch samples and as a presumptive test prior to do confirmatory mtDNA sequencing. Sixteen SNPs that possess high discrimination power in hypervariable regions were selected. The DNA samples were obtained from 100 buccal swab samples of Thai healthy individuals ages between 18-60 years old. All the DNA samples were extracted and then were amplified using single duplex PCR technique. The duplex PCR products were genotyped by SNPs minisequencing. Based on 14 SNPs, a total of 48 haplotypes were observed of which 29 haplotypes were unique. The haplotype diversity, discrimination power and random match probability were calculated to be 0.9711, 0.9614 and 0.0386, respectively. The SNPs at 150, 199, 489, 16129, 16189, 16223, and 16304 were highly polymorphic in the studied population. Our results suggest that the SNPs minisequencing is an alternative method to SNPs genotyping. This method can be used for exclusion a large number of mismatch samples and as a presumptive test prior to do confirmatory mtDNA sequencing.

มหาวิทยาลัยเชียงใหม่. สำนักหอสมุด

Address: เชียงใหม่

Email: cmulibref@cmu.ac.th

Name: เขมิกา ลมไธสง

Role: ประธานกรรมการ

Name: ธานินทร์ ภู่พัฒน์

Role: กรรมการ

Name: พัชณี แสงทอง

Role: กรรมการ

Name: วรอนงค์ ลี้วัฒนาผาสุข

Role: กรรมการ

Created: 2559

Modified: 2560-10-18

Issued: 2560-10-18

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: ว 611.01816 พ117ก

tha

DegreeName: วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Level: ปริญญาโท

Descipline: นิติวิทยาศาสตร์

Grantor: มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

©copyrights มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	scfor60559ptn_full.pdf	18.39 MB	4	2021-12-22 16:41:18

ใช้เวลา

0.020331 วินาที